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리눅스에서의 파티션 시스템을 fdisk를 이용해서 확인할때 위와 같은 에러메세지를 발견할 경우가 있다.

fdisk -l /dev/sda

  Disk /dev/sda: 32.2 GB, 32212254720 bytes
  255 heads, 63 sectors/track, 3916 cylinders
  Units = cylinders of 16065 * 512 = 8225280 bytes
  Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
  I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
  Disk identifier: 0x00060d5a

     Device Boot      Start         End      Blocks   Id  System
  /dev/sda1               1        1275    10240000   83  Linux

  Warning: Partition 1 does not end on cylinder boundary.

  /dev/sda2            1275        1913     5120000   83  Linux
  /dev/sda3            1913        2168     2048000   82  Linux swap / Solaris
  /dev/sda4            2168        3917    14048256    5  Extended
  /dev/sda5            2168        2295     1024000   83  Linux
  /dev/sda6   *        2296        3917    13022208   83  Linux

현재 하드 디스크는 LBA 방식으로 접근하므로 거기에 맞추어 파티션 시작 위치와 종료 위치를 지정한다. 이것은 전혀 문제가 없는 방식이지만, fdisk 커맨드는 오래된 CHS 방식 디스크도 대응하기 때문에 디폴트로 CHS 방식 디스크 정보를 표시한다.

이때 LBA 방식의 디스크에 대해 가공의 기하학 구조(헤드 수, 섹터 수, 실린더 수)를 설정하여 파티션의 시작, 종료 위치의 섹터 번호를 무리하게 실린더 번호와 바꾸려고 한다. 더욱이 파티션 종료 위치가 가공의 기하학 실린더 종료 위치에 잘 맞지 않았을 경우, '파티션 1은 실린더 경계에서 종료되지 않았습니다'와 같은 메시지가 표시된다. 이는 '파티션이 실린더 단위로 나위어 졌다는 전제로 움직이는 OS로 이 디스크를 사용하면 문제가 생길 수 있습니다'라는 의미의 경고이다. 리눅스만 사용하는 디스크에게는 불필요한 경고일 뿐이다.

하드 디스크의 라벨을 보면 LBA 방식인지 CHS 방식인지 구분할 수 있으며 LBA 방식의 fdisk 사용방법은 아래와 같다.

fdisk -lu /dev/sda

  Disk /dev/sda: 32.2 GB, 32212254720 bytes
  255 heads, 63 sectors/track, 3916 cylinders, total 62914560 sectors
  Units = sectors of 1 * 512 = 512 bytes
  Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes
  I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes
  Disk identifier: 0x00060d5a

     Device Boot      Start         End      Blocks   Id  System
  /dev/sda1            2048    20482047    10240000   83  Linux
  /dev/sda2        20482048    30722047     5120000   83  Linux
  /dev/sda3        30722048    34818047     2048000   82  Linux swap / Solaris
  /dev/sda4        34818048    62914559    14048256    5  Extended
  /dev/sda5        34820096    36868095     1024000   83  Linux
  /dev/sda6   *    36870144    62914559    13022208   83  Linux